Makise Kurisu'yu kurtaramadıktan sonra darmaduman olan Okabe Rintaro, sıradan bir hayat yaşamaya karar vermiştir. Yapay zekâ seminerinde görevli olan Okabe, kısa boylu Hiyajo Maho ile karşılaşır. Hiyajo Maho, seminerdeki sunumda Profesör Alexis Leskinen'e tercümanlık eder. Şaşkın kalabalığa, bir insanın hafızasını veri olarak muhafaza edip kişiliğini yansıtabilen yapay zekâ, Amadeus'u gösterirler.Sunum sonrasında Okabe, Maho ve Leskinen'in Kurisu'nun üniversiteden meslektaşları olduğunu öğrenir. Okabe'ye, Kurisu'nun belli dönemdeki hafızasına sahip olan Amadeus ile iletişim kurma fırsatı verilir. Okabe Rintaro, acı gerçekle yüzleşip zamanın doğal akışını bozan korkunç sonuçlara karşı harekete geçmek zorunda kalacaktır.