Japonya'daki otaku kültürünün "SSC" olarak bilinen gizemli bir organizasyon tarafından yok edildiği distopik bir yakın gelecekte geçen Magical Girl Destroyers, otaku kültürünü seven genç bir devrimci olan Otaku Kahramanı ile ona hayran olan üç büyülü kız Anarchy, Blue ve Pink'in talihsiz maceralarını konu alıyor. Birlikte, "sevdiğiniz şey hakkında sevdiğiniz şeyi istediğiniz kadar konuşabileceğiniz bir dünya" yaratmak için mücadele ediyorlar.