Nükleer bir olayın ardından 2036 yılında Tokyo kuşatma altındadır. Üç lise öğrencisi kız bu ölü şehre gönderilmiştir. Genetik mühendisliği sayesinde üç kız da doğumlarından itibaren radyoaktiviteye karşı bağışıklık kazanmışlardır. Coppelion adı verilen özel bir tim kurarlar.