2035 yılı Japonya’sında yanlış giden bir deney sonucu “Kıvılcım” adı verilen bir kaza meydana gelir ve Kurobe Gorge şehrinin tamamı yapay bir yaşam formu olan “Madde” ile kaplanır. Bir zamanlar insanlığın umudu olarak görülen bu Ar-Ge şehir artık hükümet birimlerince tamamen kordona alınmıştır. Felaketten iki yıl sonra, “Kıvılcım”da tüm ailesini kaybetmiş 15 yaşındaki Aiko Tachibana, okulun yeni öğrencisi Yuya Kanzaki’den gelen beklenmedik bir haberle sarsılır. Kanzaki, bedeninde saklı bir gizem olduğunu ve bunu çözmek için de Kıvılcım’ın merkezi olan “Sıfır Noktası”na gitmek zorunda olduklarını söyler. Bakalım şehre girdiklerinde, nasıl bir gerçekle yüzleşecekler?